冷泉港实验手册特写生物信息学方法

　　

生物通报道：像人类基因组计划这样的大型研究项目已经产生出大量的数据。为了将这些数据转变成有意义的信息，研究人员发展出了强大的数学和统计学运算法则，从而产生了新的跨学科领域——生物信息学。

 

通过利用芯片工具分析基因组序列数据，生物学家能够知道特定基因的功能，评估种间的进化相关性并确定出对疾病有预测性的DNA变异体。这些有价值的信息能够补充和帮助更多传统的以实验室为基础的实验研究。本月的《冷泉港实验手册》（Cold Spring Harbor Protocols）特别介绍了两篇讨论学科和边缘生物信息学软件程序应用的文章,免费获取地址www.cshprotocols.org。

 

第一篇可免费阅读的文章（http://www.cshprotocols.org/cgi/content/full/2007/14/pdb.top17）可用于指导如何使用BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）程序。BLAST是最常用的分析大型数据库中DNA和蛋白质序列相似性的工具。该篇BLAST指南文章对它的运算基础进行总结回顾，并且对不同的BLAST程序和它们的应用范围进行了描述。这篇文章将有助于生物学专家更好地了解和使用BLAST。

 

第二篇免费文章描述了用于优化从谷物获得的序列数据中SNP（单核苷酸多态性）的一种计算机分析途径。研究人员对由454 Life Sciences的尖端技术获得的这些序列进行排列，并用BLAST和cross_match（另外一种计算机工具）确定玉米基因组。然后，他们使用第三种叫做PolyBayes的程序来搜寻排列好的序列中的SNP。该文章的获取地址为：http://www.cshprotocols.org/cgi/content/full/2007/14/pdb.prot4i786。（生物通杨遥）

 

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